Struktuuritoetuse osakond täidab struktuuritoetusi käsitlevate õigusaktide tähenduses rakendusüksuse ülesandeid, sh avatud taotlusvoorude korraldamine, taotluste menetlemine, toetuse kasutamise seire, kulude ja tegevuste abikõlblikkuse kontroll, maksetaotluste menetlemine ja riikliku järelevalve teostamine toetuse saaja üle.
Arendusosakond korraldab andmevahetuskihi X-tee, dokumendivahetuskeskuse ja avaliku võtme infrastruktuuri (PKI) arendamist ning võib korraldada riigi poolt pakutavate avalike infotehnoloogiliste teenuste kavandamist ja realiseerimist.
Haldusosakond tagab teabevärav «eesti.ee», andmevahetuskihi X-tee, riigi infosüsteemi haldussüsteemi ja dokumendivahetuskeskuse nõuetekohase toimimise, korraldab teabevärva komponentide ja riigi infosüsteemi haldussüsteemi sisuhaldust ning korraldab riigi infosüsteemi üldkasutatavate komponentidega seotud osapoolte koolitamist ja teavitamist.
Riigi infosüsteemi haldussüsteemi osakond korraldab riigi infosüsteemi haldussüsteemi pidamist ja järelevalve teostamist vastavalt valdkondlikele õigusaktidele ja vajadusel riikliku sunni kohaldamist. Tegevus hõlmab ka riigi infosüsteemi haldussüsteemi kaudu kooskõlastamiseks esitatud taotluste sisulist läbivaatamist, taotlejate nõustamist ja taotluste kooskõlastamist.
Teabevärav „eesti.ee” osakond korraldab Eesti teabevärava kaudu avalikkusele kättesaadavaks tegemisele suunatud teabevaldajate tegevust ja üldkasutatavaid teenuseid puudutavat teavet ning autoriseeritud juurdepääsu elektroonilistele üldkasutatavatele teenustele. Osakond tagab koostöös teabevaldajatega teabe kasutajakeskselt korrastatud esitluse teabeväravas „eesti.ee”. Teabevärav „eesti.ee” ettevõttevaade täidab ühtse kontaktpunkti ülesandeid.
Infrastruktuuri osakond korraldab riigiasutuste vahelise andmeside arendamist ja haldamist, korraldab riigi infosüsteemi kindlustavate komponentide ja riigi infosüsteemi kuuluvate infosüsteemide süsteemsete komponentide, sh rakendus- ja andmebaasiserverite arendamist ja haldamist inkubatsiooniperioodil ning korraldab riigi infosüsteemi infrastruktuuri turvameetmete väljatöötamist ja evitamist. Infrastruktuuri osakonna ülesandeks on ka väljaarendatava kõrge käideldavusega riigi infosüsteemi baasinfrastruktuuri tagavate süsteemide haldamine ja selle käigus riigi infosüsteemi toimimiseks vajaliku varuvõimsuse tagamine.
Infoturbeintsidentide käsitlemise osakond täidab Eesti riigi tasemel CERT (Computer Emergency Response Team) ülesandeid ning tegeleb sealhulgas Eesti arvutivõrkudes toimuvate turvaintsidentide käsitlemisega, ennetavate tegevustega turvaintsidentide ärahoidmiseks ja kasutajate turvateadlikkuse tõstmisega.
Kriitilise informatsiooni infrastruktuuri kaitse osakond korraldab Eesti kriitilise informatsiooni infrastruktuuri kaitset ning tegeleb sealhulgas riskianalüüside koostamise ja kriitilise informatsiooni infrastruktuuri kaitseks vajalike turvameetmete arendamisega. Koordineerib infoturbe standardite rakendamist riigi ja kohaliku omavalitsuse asutustes ja avalikke ülesandeid täitvate eraõiguslike isikute juures ning töötab nende rakendamiseks välja infoturbe alaseid soovitusi.
Järelevalve osakond teostab järelevalvet elutähtsa teenuse osutamiseks kasutatavate infosüsteemide ning nendega seotud infovarade turvameetmete alalise rakendamise üle, riigivõrgu tehnilise toimivuse üle ning riigiasutuste infosüsteemidele rakendatavate turvameetmete üle.
Kommunikatsiooniosakond korraldab ameti sisekommunikatsiooni ning tegeleb teavitusega ameti tegevustest, mis võivad mõjutada avalikkust ja partnereid. Osakond korraldab teavitus- ja ennetustegevusi arvutikasutajate teadlikkuse tõstmiseks nii e-lahendustest kui ka arvutiturbe küsimustes. Kommunikatsiooniosakonna ülesandeks on korraldada avalikkuse teavitamist kriisiolukordades.